Το Τμήμα Γεωπονίας του  Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου οργάνωσε και λειτουργεί με επιτυχία από το ακαδημαϊκό έτος 2015 – 2016, το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία». Από το ακαδημαϊκό έτος 2018 - 2019, το Τμήμα επανιδρύει αναμορφωμένο το ΠΜΣ, σύμφωνα με τις διατάξεις του νόμου 4485/2017 (ΦΕΚ 114/04-08-2017).