- Τμήμα Διοικητικής Μέριμνας & Πρωτοκόλλου
- Τμήμα Διοικητικού & Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ)
- Τμήμα Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ)
- Τμήμα Σπουδών & Πρακτικής Άσκησης
- Τμήμα Συλλογικών & Ατομικών Οργάνων & Επιτροπών
- Γραφείο Πολιτικής Σχεδιάσεως Εκτάκτου Ανάγκης (ΠΣΕΑ)
- Τμήμα Δαπανών & Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (ΚΠΣ)
- Τμήμα Μισθοδοσίας & Αποζημειώσεων
- Τμήμα Προμηθειών & Περιουσίας
- Τμήμα Προϋπολογισμού
- Οικονομικά στοιχεία
Διεύθυνση Πληροφορικής και Βιβλιοθήκης
- Τμήμα Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων
- Τμήμα Διαχείρισης Πληροφοριακών Συστημάτων
- Τμήμα Υποστήριξης Εκπαιδευτικών Διαδικασιών
- Τμήμα Βιβλιοθήκης και Κέντρου Πληροφόρησης
- Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Λογιστικής και Οικονομικής Διαχείρισης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Προγραμματισμού, Ανάπτυξης και Διαχείρισης Έργων
- Τμήμα Φοιτητικών Παροχών
- Τμήμα Περίθαλψης και Κοινωνικής Μέριμνας
- Τμήμα Παιδικού Σταθμού
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας Ηρακλείου
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας και Φοιτητικών Παροχών (Σητεία)
- Γραφείο Διαχείρισης Φοιτητικών Παροχών (Χανιά)
Αυτοτελή Τμήματα
- Γραμματεία Πρυτανείας
- Τμήμα Δημοσίων & Διεθνών Σχέσεων
- Γραφείο Συντήρησης (Παράρτημα Χανίων)
- Γραφείο Διασύνδεσης και Σταδιοδρομίας
- Γραφείο Νομικού Συμβούλου
- Γραφείο Συνηγόρου Φοιτητή